Beast Machines se passa após os acontecimentos de Beast Wars. Os Maximals despertam em Cybertron, sem nenhuma lembrança de como eles chegaram lá e, ainda, são caçados por uma misteriosa nova linha de transformers: os Vehicons. Estes novos transformers encontram-se sob o controle de Megatron, que reaparece em busca de vingança. Os Maximals são forçados a irem para os subterrâneos de Cybertron onde seus corpos sofrem uma estranha "reforma" (reformatação). Usando suas novas formas, eles devem se ajustar à transformação, salvar as centelhas dos cybertronianos e libertar o planeta do domínio de Megatron.
